تأسست عام 1276هـ (1860م) من قبل السلطان ناصر الدين القاجاري بمباشرة العلامة الشيخ عبد الحسين الطهراني. وكانت هذه المدرسة من المعاهد العلمية الدينية المزدهرة في فترات زمنية مختلفة. وسميت بهذه التسمية نسبة إلى موقعها عند باب الزينبية في الجهة الغربية للروضة الحسينية ، وتم تهديمها نتيجة فتح الشارع الميحيط بالروضة الحسينية سنة 1368هـ (1948م) .
ومن أساتذة المدرسة الزينبية الشيخ محمد الخطيب المتوفى سنة 1380هـ (1961م) ، والشاعر الشيخ جعفر الهر المتوفى سنة 1347هـ (1928م) .